La región consiste principalmente en una serie de valles y barrancos que descienden desde las cumbres de Sierra Nevada, en el norte, al eje vertebrador de la comarca, que es el gran valle, dispuesto en dirección este-oeste, formado por las cuencas del río Guadalfeo, en la parte granadina, y del río Andarax, en la parte almeriense. Al sur, la Sierra de Lújar, la Sierra de la Contraviesa y la Sierra de Gádor con sus barrancos, que descienden desde estas sierras al mar Mediterráneo.

Se trata de un espacio de una enorme belleza natural y grandes contrastes. A causa de su clima suave, combinado con una fuente estable de agua para la irrigación de los ríos que descienden de Sierra Nevada, los valles de La Alpujarra disfrutan de un importante grado de fertilidad, si bien a causa de la naturaleza del terreno sólo pueden ser cultivados en pequeñas parcelas, por lo cual las técnicas modernas de agricultura no suelen ser viables.